Phùng Khắc Khoan là người làng Phùng Xá, huyện Thạch Thất, tỉnh Sơn Tây (Bắc Việt).

Theo sách sử để lại thì ông Phùng Khắc Khoan là anh em cùng mẹ khác cha với ông Trạng Trình. Nguyên bà mẹ ông Trạng Trình và Phùng Khắc Khoan là Từ Thục phu nhân là người họ Nhữ, con gái quan Hộ bộ thượng thư là Nhữ văn Lang ở làng An Tử, huyện Tiên Minh. Bà là người học giỏi, thơ hay, lại tinh thông lý số.

Lấy ông Vân Định, sinh ra Trạng Trình Nguyễn Bỉnh Khiêm, bà Từ Thục phu nhân nửa đường đứt gánh, lên Sơn Tây lấy chồng khác rồi sinh ra Phùng Khắc Khoan. Cũng như Trạnh Trình, Phùng Khắc Khoan có tư chất thông minh từ nhỏ. Lúc lớn lên, bà cho xuống Hải Dương theo học ông anh là Trạng Trình Nguyễn Bỉnh Khiêm.

Ông Khiêm hết lòng dạy dỗ em nên chẳng mấy lúc Phùng Khắc Khoan nổi tiếng văn chương tài đức.

Lúc bấy giờ, nhà Lê giữ ở Thanh Hóa. Tính độn, Trạng Trình biết rằng nhà Lê thế nào cũng có thời trung hưng, ông bèn sai Phùng Khắc Khoan vào Thanh Hóa phò nhà Lê. Gặp Phùng Khắc Khoan, vua Lê Trang Tôn mừng lắm, đãi vào hàng quân sư. Phùng Khắc Khoan lập nhiều mưu kế, có nhiều kế hoạch để lấy lòng dân, thu dụng người ở các nơi lân cận. Vua Trang Tôn tin dùng hết sức. Đến thời vua Thế Tôn khôi phục thành Thăng Long, vua sai Phùng Khắc Khoan đi sứ nhà Minh để vận động phong tước. Nhà Minh phong vua Thế Tôn là "An Nam đô hộ sứ".

Khắc Khoan trả lại sắc phong cho vua Minh và tâu:

- Chúa tôi là họ Lê, nguyên là dòng dõi nước Nam, không có tội tình như họ Mạc mà thiên triều lại phong tước như họ Mạc, chúa tôi không nhận sắc mệnh được. Dám mong thiên triều xét lại, chớ quả là không dám nhận.

Thấy Phùng Khắc Khoan trình thế, vua Minh tự nhủ "quan chức của Thế Tôn, mà ăn nói đàng hoàng, lý sự như thế, chắc hẳn Thế Tôn không phải người vừa".

Bèn đổi sắc lệnh mà phong cho Thế Tôn làm "An Nam Quốc vương".

Trong thời kỳ đi sứ nhà Minh bên Tàu, gặp ngày Tết Nguyên Đán, vua Minh ra lệnh cho các đình thần và các sứ thần ngoại quốc mỗi người phải làm một bài thơ chúc mừng. Ai cũng dâng lên một bài. Riêng Phùng Khắc Khoan ngay lúc đó dâng lên tới ba mươi sáu bài thơ, ý khác nhau, lời khác nhau, làm cho vua Minh phải kinh ngạc sao lại có người làm thơ hay mà nhanh đến như thế. Vua Minh bèn phê cho đỗ Trạng nguyên (Trạng nguyên cả nước Nam lẫn nước Tàu) vì thế mới có tên là Trạng Bùng (vì ông Phùng Khắc Khoan sinh ở làng Phùng xá, tức là làng Bùng).

Tục truyền khi Trạng Bùng đi sứ về đến Lạng Sơn ông được thấy bà Liễu Hạnh hiện lên trên đỉnh núi mà ở dưới chân núi thì gỗ để ngổn ngang, lại có chữ "Liễu Hạnh" và chữ "Bùng". Ông biết ý Chúa Liễu liền cho lập đền thờ Chúa Liễu ngay tại đó.

Về sau về đến Hồ Tây, bà Chúa Liễu lại hiện ra lần nữa để tạ ơn ông. Hai người làm thơ sướng họa với nhau rất nhiều, người sau bình phẩm không thể quyết thơ của người nào hay hơn thơ người nào.